两汉
高昌故城由西汉王朝在车师前国境内的屯田部队所建。
公元327年
前凉张骏在高昌故城“置高昌郡，立田地县”，继之又先后为河西走廊的前秦、后凉、西凉、北凉所管辖。
南北朝
公元442年（南朝宋元嘉十九年），北凉残余势力沮渠无讳在高昌故城建立了流亡政权。 公元450年（北魏太平真君十一年），沮渠安周攻破交河城，灭车师前国，吐鲁番盆地政治、经济、文化的中心遂由交河城完全转移到高昌城。 公元460年（南朝宋大明四年），柔然人杀北凉王安周，此后张、马、麴氏在高昌相继称王，其中以麴氏高昌统治时间最长，达140余年。
唐代
公元640年（唐贞观十四年），唐吏部尚书侯君集带兵统一了高昌，在此置西州，下辖高昌（高昌故城）、交河、柳中、蒲昌、天山五县。由侯君集所得高昌国户籍档案统计，当时有人口3.7万。 公元8世纪末以后，吐蕃人曾一度占据了高昌。 公元9世纪中叶以后，漠北草原回鹘汗国衰亡后，西迁的部分余众攻下高昌，在此建立了回鹘高昌国。其疆域最盛时包括原唐朝的西州、伊州、庭州以及焉耆、龟兹二都督府之地。此外还统有分布在罗布淖一带的众熨及其它一些别的民族或部落 。
宋代
公元1209年（大安元年），高昌回鹘臣附蒙古，成吉思汗赐回鹘高昌王为自己的第五子，并将公主下嫁于他。 公元13世纪（南宋）以后，天山以北广大地区的西北蒙古游牧贵族以海都、都哇为首发动叛乱，曾多次南下侵犯臣属于元朝的回鹘高昌国 。 公元1275年（南宋德祐元年），天山以北广大地区的西北蒙古游牧贵族以海都、都哇为首发动叛乱一次出兵12万围攻火州（高昌故城）达半年之久，后来亦都护（高昌王号）火赤哈尔的斤终于战死在同海都、都哇的战争中。这场战火延续40余年之久，高昌城在战乱中被毁。 公元1316年—1318年（元延祐三年至五年），受元仁宗册封继承高昌王位的火赤哈尔的斤的儿子纽林的斤，在元朝的支持下，领兵重新夺回城池。由于高昌城在战火中毁坏过甚，这次重建的火州城已不在高昌旧址，而在原高昌城西（阿斯塔那居民村附近）。元朝统治瓦解后，火洲部割据处称“地面”。
