唐代
唐麟德元年（664年）玄奘圆寂于玉华寺，初葬长安东南白鹿原。 唐总章二年（669年）为迁葬玄奘灵骨于今址起塔。 总章三年（670年）建寺，全称“大唐护国兴教寺"。 唐永淳元年（682年），窥基墓塔始建。 唐太和二年（828年）重修寺院。 唐大和三年（829年），窥基墓塔重建。窥基塔始建于唐永淳元年（682年），太和三年（829年）重建。 唐穆宗长庆元年（821年），和尚法讳昙景主持修葺了塔寺； 唐文宗太和二年（828年），僧人义林修缮，但未修完义林圆寂； 唐文宗开成四年（839），刘轲应请将塔铭镶嵌于塔最底层背面壁间； 唐文宗大和四年（830年），迁窥基塔于平原； 唐末战乱，兴教寺遭遇战火，并被盗掘。
宋代
北宋政和五年（1115年），龙兴寺仁王院僧广越法师将丰德寺东岭上圆测塔中分出的部分舍利及供养物，移葬于兴教寺奘师塔东。
清代
清同治年间（1862—1874年），兴教寺大部分毁于战火，仅存兴教寺塔以及玄奘弟子窥基和圆测的墓塔。
民国
民国十四年（1925年）地震，兴教寺塔塔顶震落，残破益重，寺僧妙法对舍利塔和兴教寺塔进行了修缮；民国十九年（1930年）秋，辛亥革命元老朱子桥将军出资修复玄奘、窥基、圆测三塔及钟鼓二楼。
现代
1956年，加固玄奘塔顶并安装避雷装置。 1975年，修建寺院围墙和排水、护坡工程。 1983后，针对玄奘塔向南倾斜采取了抢救措施，用砖石水泥筑砌塔南护坡，用水泥砖漫铺塔基周围，并在地下修排水道。 1992年，陕西省政府公布了兴教寺塔古建筑保护范围，建立了兴教寺塔文物记录档案和寺院安全保卫制度。
