1943年国立敦煌艺术研究所筹备成立之前，莫高窟有上、中、下三个寺观。上寺和中寺住有喇嘛，下寺三清宫是王圆箓所建。莫高窟的两寺一观都对石窟进行管理，把石窟分为三段，各管一段。上寺管理从莫高窟最南端到九层楼，中寺管理从九层楼到小牌坊，下寺管理从小牌坊到窟区最北端。